La Caisse est dirigée par un conseil d’administration dont la composition est paritaire entre les représentants de l’État, les employeurs et les travailleurs.

Conformément au décret n° 00510/PR/MTEPS du 04 juin 2008 fixant statuts de la CNAMGS , le Conseil d’Administration comporte 16 membres avec voix délibérative. :

• un membre du Ministère des Finances et un autre du Ministère de la Santé et de l’Hygiène Publique représentant l’état puissance publique,
• un représentant de la Fonction Publique et un autre de la Défense Nationale au titre de l’État employeur,
• quatre représentants des employeurs du secteur privé et
• huit représentants des assurés dont trois représentants des agents des forces de défense et de sécurité, deux représentants des organisations syndicales des agents publics, trois représentants des travailleurs salariés en activité, un représentant des agents publics retraités et enfin un représentant des travailleurs salariés retraités.

Les membres du Conseil d’Administration, avec voix consultative ou observateurs, au nombre de 5, se répartissent de la façon suivante :

• un représentant du Ministère du Travail et de l’Emploi
• un représentant du Ministère des Affaires Sociales
• un représentant des personnes économiquement faibles
• un représentant des structures publiques de diagnostic et de soins ou
  assimilés
• un représentant des structures privées de diagnostic et de soins ou assimilés.

Le premier Conseil d’Administration (CA) s’est déroulé le 26 novembre 2008 sous l’Autorité du Ministre de tutelle de la CNAMGS, Monsieur Jean François Ndongou, Ministre du Travail, de l’Emploi et de la Prévoyance sociale. Ce premier CA ajoute une pierre majeure à l’édification de la CNAMGS et à la matérialisation des engagements du Président de la République , Son Excellence El Hadj Omar BONGO ONDIMBA.

A l’issue du vote, le Conseil d’Administration a procédé à la nomination en tant que Président de la CNAMGS de Monsieur Jean Félix MAMALEPOT (État puissance publique). Messieurs Jean Claude ALEVINA (Confédération Patronale Gabonaise) et Fridolin MVE MESSA (Agents publics) ont été nommés vice-présidents.

Aujourd’hui, le Président du conseil s’appelle Théophile MBA ANDEME